A la Corte Vasca de Arbitraje se puede acudir a partir del mismo momento en que surge la controversia, siempre y cuando se haya previamente suscrito un convenio arbitral como cláusula de un contrato de venta, de arrendamiento, de constitución de una sociedad mercantil, etc. A partir de ese momento, los servicios administrativos de la Corte Vasca de Arbitraje proceden a gestionar y administrar el arbitraje, así como a la designación del árbitro o árbitros que han de proceder a la resolución de la controversia.